אמנם האדם משועבד לכוחות הגוף, אך ה' דורש מאיתנו להיות בעלי חירות מוסרית - לחיות בטהרה, ולעבוד את ה', ואפילו להתקרב אל השכינה במקדש.
קרבן עולה ויורד מוקרב על חטא בו נפגשים הטומאה והטהרה. החוטא אכל קודש מבלי משׂים או נכנס למקדש כשהוא טמא. הרב הירש טען כי מטרת עבודת המקדש לכוון את האדם לעבוד את אלוקיו בחירות מוסרית. האדם המודע לדרך העולם ולגוויעת כל היצורים, עלול להגיע לתפיסה מוטעית ולהיכנע מתוך ייאוש לכוח המוות. המפגש עם כוח המוות, המתבטא בטומאה מחד גיסא, ועם הטהרה המייחדת את המקדש מאידך גיסא, מדגיש לאדם כי ביכולתו להינתק מכבלי השעבוד הגופני.
הרב הירש תיאר בפירושו את המאבק שבין שני הכוחות:
"שְׁנֵי הַתְּחוּמִים הָאֵלֶּה טֻמְאַת הַשִּׁעְבּוּד הַגּוּפָנִי וְטַהֲרַת הָחֵרוּת המוסרית הֵם אֱמֶת לאמיתה; שְׁנֵיהֶם נִבְרְאוּ בִּידֵי אֶל אֶחָד הוּא הַאֶל שֶׁבָּרָא אֶת הַטֶּבַע הַגּוּפָנִי וְאֶת הָחַיִּים הַמּוּסָרִיִּים. רַק אִם תְּעָרֵב אוֹתָם, תַּהֲפוֹך אוֹתָם לְשֶׁקֶר. מִבְּחִינָה גּוּפָנִית הִנְּךָ מְשֻׁעְבָּד, אַך מִבְּחִינָה מוסרית אַתָּה חָפְשִׁי. וְכָל זְמַן שֶׁהַנְשָׁמָה בְּקִרְבֶּךָ, הֲרֵי ה' מְזַוֵּג בְּתוֹכְךָ אֶת שְׁנֵי הכוחות הָאֵלֶּה; אֶת כוחותיך המשועבדים מִבְּחִינָה גּוּפָנִית הוּא מָסַר לְשִׁלְטוֹן בְּחִירָתְךָ החופשית לְמַעַן תעבוד אֶת ה' בַּמִּקְדָּשׁ. ... הווייתך האנושית הִיא לְמַעְלָה מִתְּחוּם ההווייה הַגּוּפָנִית גְּרֵידָא. כִּי ה' נָפַח בְּאַפֶּיךָ נִשְׁמַת חַיִּים וְחָלָק לְךָ מֵחֵרוּתוֹ; ... רַק טָהוֹר רַשַּׁאי לָבוֹא אֶל הַמִּקְדָּשׁ ולאכול אֶת קֳדָשָׁיו; לָמַדְתָּ, שֶׁאָדָם חַיָּב לִבְחֹר בֵּין טֻמְּאָה וְטָהֲרָה; כִּי הטומאה חוֹסֶמֶת אֶת הַדֶּרֶך אֶל הַמִּקְדָּשׁ וּמוֹנַעַת אֶת אֲכִילַת קֳדָשָׁיו".
(פירוש הרש"ר הירש ויקרא ה', יג)
הרש"ר הירש הדגיש כי דבריו מכוונים לכל אדם בכל שלבי חייו. אל לו לאדם לראות את המסר שהמקדש מסייע לאדם בבחירה בטוב כמסר חינוכי ואולי אף נאיבי, המכוון לבני הנוער בלבד.