פתיחה (א-ב)
הכתוב פותח בדיבור של ה' למשה ומזכיר את "מוֹת שְׁנֵי בְּנֵי אַהֲרֹן בְּקָרְבָתָם לִפְנֵי-ה' וַיָּמֻתוּ" (א). הכתוב מבהיר שאהרן, ובוודאי גם כהנים אחרים, לא יכולים לבוא "בְכָל-עֵת אֶל-הַקֹּדֶשׁ" (ב), אלא רק בדרך מסויימת שתפורט כאן.
הקרבת הפר של הכהן והשעיר של העם (ג-יא)
"בְּזֹאת יָבֹא אַהֲרֹן אֶל-הַקֹּדֶשׁ" (ג): הכהן צריך להביא פר לחטאת ואיל לעולה ועם ישראל צריך להביא שני שעירי עזים (אחד לחטאת ואחר "לַעֲזָאזֵל") ואיל לעולה. בפסקה זו הכתוב מפרט על ההגרלה של שני השעירים ("גּוֹרָל אֶחָד לַה' וְגוֹרָל אֶחָד לַעֲזָאזֵל") וחותם בהקרבת ושחיטת הפר של אהרן "וְכִפֶּר בַּעֲדוֹ וּבְעַד בֵּיתוֹ" (יא).
כפרת הקודש (יב-יז)
כעת הכהן הגדול צריך לכפר על הקודש: עליו לקחת קטורת, לשים אותה לפני ה' וענן הקטורת מכסה את הכפורת. הכהן לוקח מדם הפר (ששחט לפני כן) והוא מזה "עַל-פְּנֵי הַכַּפֹּרֶת קֵדְמָה וְלִפְנֵי הַכַּפֹּרֶת יַזֶּה שֶׁבַע-פְּעָמִים" (יד). לאחר מכן הוא עושה אותו הדבר עם שעיר החטאת של העם, שוחט אותו ומזה מדמו. התוצאה "וְכִפֶּר עַל-הַקֹּדֶשׁ מִטֻּמְאֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וּמִפִּשְׁעֵיהֶם לְכָל-חַטֹּאתָם" (טז).
כפרת המזבח (יח-כ)
לאחר שהכהן מכפר על הקודש, הוא מכפר גם על המזבח (ואפשר להתלבט באיזה מזבח מדובר כאן). הוא לוקח מדם הפר ומדם השעיר ונותן ממנו על קרנות המזבח. הוא מזה מהדם שבע פעמים ומטהר את המזבח "וְקִדְּשׁוֹ מִטֻּמְאֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל" (יט).
כפרה על עוונות בני ישראל (כא-כב)
אחרי שהכהן מכפר "אֶת-הַקֹּדֶשׁ וְאֶת-אֹהֶל מוֹעֵד וְאֶת-הַמִּזְבֵּחַ" הוא מקריב את השעיר החי. אהרן סומך את ידיו על השעיר ומתוודה על כל עוונות בני ישראל, והשעיר משתלח אל המדבר "וְנָשָׂא הַשָּׂעִיר עָלָיו אֶת-כָּל-עֲוֹנֹתָם" (כב).
השלמה ודינים נוספים (כג-כח)
לאחר סיום הטקס המרכזי, אהרן פושט את בגדי הבד ששם בהתחלה ולובש את בגדיו הרגילים והוא מקריב את האיל שלו ושל העם. את הפר והשעיר שנשחטו מוציאים אל מחוץ למחנה ושורפים אותם. מי ששרף את הפר והשעיר וכן מי ששילח את השעיר לעזאזל, צריך להטהר ולשם כך מכבס את בגדיו ורוחץ במים "וְאַחֲרֵי-כֵן יָבוֹא אֶל-הַמַּחֲנֶה" (כו; כח).
הצו לבני ישראל ופסוקי חתימה (כט-לד)
עד לשלב זה הכתוב כלל לא ציין שהעבודה הזו שייכת ליום הכיפורים. כעת הכתוב מצווה לעשות את העבודה הזו בכל שנה ביום הכיפורים, "חֻקַּת עוֹלָם" (כט; לא; לד). מלבד תהליך הכפרה, העם מצווה לענות את נפשו (=לצום) ולא לעשות כל מלאכה, בדומה ליום השבת. הכתוב מסיים במילוי הצו על ידי אהרן "וַיַּעַשׂ כַּאֲשֶׁר צִוָּה ה' אֶת-מֹשֶׁה" (לד).