ספר יונה שונה משאר ספרי תרי עשר. אחד עשר הספרים האחרים כוללים בעיקר נבואות ואילו ספר יונה מביא סיפור פרוזאי על הנביא יונה ובריחתו מה' ומתפקיד הנביא.
הבעיה: יונה בורח מה', סערה בים (א-ד)
הספר נפתח בנבואה ליונה: "קוּם לֵךְ אֶל־נִינְוֵה הָעִיר הַגְּדוֹלָה וּקְרָא עָלֶיהָ כִּי־עָלְתָה רָעָתָם לְפָנָי" (ב). יונה מחליט לברוח ולהפר את הצו של ה': "וַיָּקָם יוֹנָה לִבְרֹחַ תַּרְשִׁישָׁה מִלִּפְנֵי ה' וַיֵּרֶד יָפוֹ וַיִּמְצָא אֳנִיָּה בָּאָה תַרְשִׁישׁ וַיִּתֵּן שְׂכָרָהּ וַיֵּרֶד בָּהּ לָבוֹא עִמָּהֶם תַּרְשִׁישָׁה מִלִּפְנֵי ה'" (ג). בתגובה ה' מביא סערה על הים: "וַה' הֵטִיל רוּחַ־גְּדוֹלָה אֶל־הַיָּם וַיְהִי סַעַר־גָּדוֹל בַּיָּם וְהָאֳנִיָּה חִשְּׁבָה לְהִשָּׁבֵר" (ד), אך המספר לא קושר בצורה ישירה בשלב זה בין הסערה לבריחת יונה.
הניסיון לפתור את הבעיה (ה-יג)
המלחים שבאוניה מנסים לפתור את הבעיה. הם זועקים איש לאלהיו, ומנסים לזרוק כמה מהכלים שבאוניה כדי שהאוניה לא תהיה כבדה. לעומת הנחישות של המלחים, יונה נשכב ונרדם. בתגובה פונה אליו רב החובל ואמר לו: "מַה־לְּךָ נִרְדָּם קוּם קְרָא אֶל־אֱלֹהֶיךָ אוּלַי יִתְעַשֵּׁת הָאֱלֹהִים לָנוּ וְלֹא נֹאבֵד" (ו). במקביל המלחים עורכים גורל כדי לגלות "בְּשֶׁלְּמִי הָרָעָה הַזֹּאת לָנוּ" (ז) והגורל מצביע על יונה. המלחים ניגשים ליונה ומנסים לברר איתו מי הוא ומאיפה הוא. יונה מגלה להם שהוא עברי ירא ה', והמספר מדווח שיונה סיפר להם שהוא בורח מלפני ה' "וַיֹּאמְרוּ אֵלָיו מַה־זֹּאת עָשִׂיתָ כִּי־יָדְעוּ הָאֲנָשִׁים כִּי־מִלִּפְנֵי ה' הוּא בֹרֵחַ כִּי הִגִּיד לָהֶם" (י). בעקבות הגילוי יונה מציע להם להטיל אותו מהאוניה אל הים, ואז הסערה תשקוט. המלחים מנסים לחתור לכיוון היבשה, אך ללא הועיל.
הפתרון: הטלת יונה אל הים (יד-טז)
רגע לפני שהמלחים נושאים את יונה ומטילים אותו אל הים, הם קוראים בתפילה אל ה': "אָנָּה ה' אַל־נָא נֹאבְדָה בְּנֶפֶשׁ הָאִישׁ הַזֶּה וְאַל־תִּתֵּן עָלֵינוּ דָּם נָקִיא כִּי־אַתָּה ה' כַּאֲשֶׁר חָפַצְתָּ עָשִׂיתָ" (יד). מיד כשיונה מוטל אל הים, הסערה מפסיקה, וכתוצאה מכך: "וַיִּירְאוּ הָאֲנָשִׁים יִרְאָה גְדוֹלָה אֶת־ה' וַיִּזְבְּחוּ־זֶבַח לַה' וַיִּדְּרוּ נְדָרִים" (טז).