בסוף פרק ב' מוכיח מלאכי את העם על כך שהם כביכול כופרים בהשגחתו של הקב"ה, בעצם כך שהם תוהים על הנהגת ה' בעולם ושואלים כיצד יתכן שצדיק ורע לו, רשע וטוב לו. כתגובה לטענותיהם משיב ה' בפרקנו כי יביא את מלאכו לעשות משפט וצדקה בעם, אבל צריך להיות ראויים על מנת לעמוד בדין הנוקב ולחזור בתשובה, כי אפילו הצדיקים יצטרכו לעבור ניקיון, אז קל וחומר שפשוטי העם.