עם שיחרורו מחצר המטרה מגיע ירמיהו אל גדליה בן אחיקם. מהתיאור בפרק מ' מתברר שזו הייתה בחירתו האישית של ירמיהו להישאר ביהודה מתוך תקווה ואמונה שלשארית יכולה להיות תקומה.
על פי המתואר בפרק ל"ט, יא-יד, מלך בבל דואג באופן אישי לירמיהו ומצווה לשחררו. דאגה זו נבעה, כך בפשטות, מהעובדה שירמיהו לאורך כל הדרך ניבא והזהיר מהחורבן ואף עודד את העם להיכנע לבבל, כך שמלך בבל ראה בו בן ברית (למעשה, גם צדקיהו והשרים ראו את ירמיהו כבן בריתו של מלך בבל ולכן התנכלו לו). מפסוק יד משמע שמסירתו אל גדליה הייתה בעל כורחו אולם בפסוק יב נאמר במפורש שירמיהו יוכל לקבוע את גורלו. ואכן בפרק מ' (פס' א-ו) הכתוב מתאר כיצד 'שלף' נבוזראדן רב הטבחים את ירמיהו משיירת הגולים ונתן לו בחירה: לבוא לבבל ולקבל יחס מיוחד מהמלך ("ואשים את עיני עליך"; מ', ד) או להישאר בארץ. ירמיהו מעדיף להישאר:
"ויבֹא יִרְמְיָהוּ אֶל גְּדַלְיָה בֶן אֲחִיקָם הַמִּצְפָּתָה וַיֵּשֶׁב אִתּוֹ בְּתוֹךְ הָעָם הַנִּשְׁאָרִים בָּאָרֶץ" (מ', ו)
בחירה זו של ירמיהו מלמדת שלמרות החורבן, ובמידה מסוימת אולי בעקבותיו ובעקבות הגלות הנוספת של אנשי יהודה, ירמיהו האמין שניתן לשקם את הנשארים בארץ, לבנות את העם מחדש ואולי אף לחזור ולבנות את המקדש במהרה. אמונה זו עומדת גם ברקע נבואתו להלן בפרק מ"ב שם הוא מפציר בעם שלא לרדת למצרים ולא לנטוש את הארץ. לטענתו דווקא בארץ יש להם סיכוי ואילו הירידה למצרים תביא עליהם אסון. אולם, בסופו של דבר, הן רצח גדליה (פרקים מ'-מ"א) והן הבחירה של השארית לרדת למצרים, סתמו את הגולל על אפשרות התיקון בדור החורבן.
יש לציין שתמיכתו של ירמיהו ב'נשארים' והאמונה בשיקום העם דווקא דרכם, אינה סותרת את נבואותיו בפרקים כ"ד ו-כ"ט (וכן גם את נבואות יחזקאל בפרקים י"א ו- ל"ג) התומכות בגולים אל מול טענת הנשארים שדווקא הם ממשיכי העם. שם מדובר על הנשארים לאחר גלות יהויכין ואילו כאן מדובר על הנשארים לאחר גלות החורבן (וראו מה שכתבנו בעניין לעיל בפרק כ"ט על 'הגולים והנשארים')